よくあるご質問（消費税の取扱い）

　指定糖、輸入異性化糖等、輸入加糖調製品及び指定でん粉等（以下「指定糖等」という。）の機構売買は、保税地域における外国貨物の譲渡に当たるため、消費税は免税となります。したがって、売買差額に消費税相当額は含まれていないこと（注1）から、輸入者の仕入に係る消費税額の控除はできません（注2）ので、ご留意ください。

（注1）指定糖等の買入価格及び売戻価格は消費税抜きの価格で算出され、その差額（売買差額）についても、消費税抜き価格の価格となります。
（注2）機構売買を終えた指定糖等については、消費税法第4条第2項の規定に基づき輸入許可後に保税地域から引き取るときに消費税が課せられることとなります。この場合の納税額は、当該指定糖等に係る申告価格（CIF）に関税の額を加えて得た額に消費税率を乗じて得た額となり、機構に納付する売買差額は課税標準に含まれないため、売買差額は消費税法第2条第1項第12号に規定する課税仕入れには該当しません。消費税の税額計算を行う場合、売買差額に係る消費税額は税額控除されないことから、輸入者自らが売買差額に係る消費税額を納税して頂くこととなります。

　Q1にあるとおり機構の売買は保税地域で行われる外国貨物の売買であることから、輸入者が機構に納付する売買差額には消費税相当額が含まれていません。
　なお、機構は軽減税率の適否を判断する立場にはありませんので、当該適否等の詳細については税関や税務署にお問い合わせください。国税庁のホームページには輸入貨物に係る飲食料品の取扱いについてのQ＆Aが掲載されておりますので、参考としてください。

国税庁
「消費税の軽減税率制度に関するQ＆A（個別事例編）」